据中国农科院最新消息,该院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队,提出一种利用外切酶组合(又称“分子剪刀”)降低三维基因组学系列技术(C-技术)“噪音”的新策略,可有效提高基因功能解读准确性。相关成果新近在线发表于《核酸研究(Nucleic Acids Research)》杂志。
团队首席、中国农科院深圳基因组所研究员张玉波介绍,近年来,用染色质构象捕获技术(C-技术)来解读基因功能,在三维基因组学中得到了非常广泛的应用。3C、4C、5C和Hi-C等一系列C-技术应运而生;但所获得的基因互作假“阳性”比例较高,相当于“数据噪音”,影响了解读准确性。
该项研究筛选了一系列高效的外切酶组合,可以有效地消除线性DNA及后续测序结果中的“噪音”来源,提高解读准确性。在标准Hi-C中验证发现,可以将邻近连接后体系中的有效互作模板比例从约40%提高到约80%。该策略可以在不同的C-技术中加以应用,预期均会有效降低技术“噪音”。
研究得到国家青年特聘项目、国家自然科学基金、国家重点研发计划、中国农科院科技创新工程和大鹏新区等项目资助。(记者 瞿剑)